Los órganos colegiados son el Consejo Social, el Consejo de Gobierno, el Claustro Universitario, el Claustro de Doctores. En todos ellos se toman decisiones de máxima relevancia, en las que los estudiantes pueden participar, cada uno dentro de las respectivas competencias que les atribuyen los Estatutos de la Universidad.

Los órganos unipersonales son el Rector, los Vicerrectores, la Secretaria General y la Gerente. Todos ellos configuran el Equipo de Gobierno de la Universidad de Léon.

El principal órgano de gobierno de cada Facultad o Escuela es la Junta de Centro. Y, a nivel de cada Departamento está el Consejo de Departamento.