Los principales órganos de gobierno de la Universidad son el Claustro Universitario, el Consejo de Gobierno y el Consejo Social. El principal órgano de gobierno de cada Facultad o Escuela es la Junta de Centro. Y, a nivel de cada Departamento está el Consejo de Departamento.

En todos ellos se toman decisiones de máxima relevancia, en las que los estudiantes pueden participar, cada uno dentro de las respectivas competencias que les atribuyen los Estatutos de la Universidad.

Así existen dos tipos de órganos: unipersonales (El Rector, los Decanos o Directores..) y colegiados, que son aquellos integrados por varias personas y en los que los estudiantes tiene mayor peso con su voz y voto.